El Águilas F.C. nació para dar continuidad al fútbol en Águilas tras la desaparición del Águilas C.F.
El Águilas Fútbol Club nació en el verano de 2010 con el objetivo de dar continuidad al fútbol en la ciudad tras la desaparición del histórico Águilas Club de Fútbol por problemas económicos. Gracias a la iniciativa de un grupo de empresarios y aficionados, encabezados por Francisco Javier Asensio Pérez, Felipe Cano Pallarés y Diego Rubio Hernández, el nuevo proyecto tomó forma con una premisa clara: construir un equipo con una fuerte identidad local y una amplia presencia de jugadores aguileños.
Para hacerlo posible, la nueva directiva adquirió los derechos deportivos del C.D. Alquerías, lo que permitió al club competir desde su primera temporada en Regional Preferente. Aunque durante el primer año la entidad mantuvo oficialmente la denominación del club de origen por motivos administrativos, en noviembre de 2011 quedó definitivamente inscrita como Águilas F.C.
El debut deportivo no pudo ser más prometedor. En su primera temporada (2010/11), el equipo logró el ascenso a Tercera División proclamándose campeón de liga con unos registros extraordinarios: 96 puntos, 30 victorias y solo dos derrotas.
Desde entonces, el Águilas F.C. se consolidó como uno de los clubes más competitivos del fútbol murciano. En las temporadas siguientes disputó numerosas promociones de ascenso, quedándose en varias ocasiones a las puertas de alcanzar la Segunda División B, lo que fortaleció la ilusión y el respaldo de la afición.
En 2020 comenzó una nueva etapa con la llegada a la presidencia del empresario aguileño Alfonso García Gabarrón, quien impulsó una profunda modernización de la entidad y de las instalaciones de El Rubial. Ese mismo proyecto dio sus frutos en la temporada 2020/21, cuando el club se proclamó campeón del Grupo XIII de Tercera División y consiguió el ascenso a la recién creada Segunda RFEF.
Tras un descenso en la campaña 2021/22, el equipo reaccionó de inmediato y recuperó la categoría un año después, proclamándose nuevamente campeón de liga en la temporada 2022/23. En los cursos siguientes se consolidó en Segunda Federación, manteniéndose entre los equipos más competitivos del grupo.
La temporada 2025/26 quedará para siempre en la memoria del fútbol aguileño. Después de una brillante campaña y de superar con éxito las eliminatorias de promoción frente al Utebo F.C. y la U.D. Poblense, el Águilas F.C. logró el ansiado ascenso a Primera Federación, devolviendo al club a una categoría nacional de prestigio y culminando un proyecto basado en la ambición, el trabajo y el compromiso con la ciudad.
Hoy, el Águilas F.C. continúa escribiendo su historia con la misma ilusión con la que nació en 2010: representar con orgullo a Águilas, defender los valores del deporte y mantener viva una tradición futbolística con más de un siglo de historia.